Después de la supresión, la Orden sobrevivió durante algunas décadas fuera de Francia, pero a más tardar a principios del siglo XV los templarios desaparecieron por completo.La idea de que los templarios habían continuado clandestinamente su actividad hasta el siglo XVIII se difundió ante todo en la masonería francesa y alemana; según una versión acreditada en tales ambientes, Molay pasó las consignas –en prisión– a Pierre D’Aumont, quien, huido a Escocia, fue elegido Gran Maestre de la Orden el 24 de junio de 1313 (el día de San Juan Bautista, que tiene una fuerte valencia simbólica para los masones) y estableció la sede de la Orden en Aberdeen, utilizando como tapadera una organización de masones (en este caso, entendido literalmente como canteros) operativos.La masonería había nacido en Inglaterra presentándose como la heredera –aunque a través de un proceso de reinterpretación filosófica y esotérica– de las corporaciones de oficio de albañilería (que comprendían, junto a los arquitectos, también a los simples albañiles).Desde cierto punto de vista, se trataba de un origen demasiado “humilde”, que la nobleza de la Europa continental aceptaba con dificultad.Así se elaboró la leyenda de caballeros perseguidos que se habían “escondido” en las corporaciones inglesas y escocesas de los francmasones para continuar sus actividades.Sobre todo en Alemania, estos caballeros misteriosos fueron identificados con los templarios.
Este es el origen de los grados templarios de la masonería que –nacidos en el continente europeo, pero difundidos también en el Reino Unido, gracias a la obra de Thomas Dunckerley (1724-1795), fundador en 1791 de un Gran Cónclave (más tarde Gran Priorato) de los Caballeros Templarios dentro de la masonería inglesa– hoy se encuentran tanto en el rito escocés como en el rito de York, y de los actuales Encampments of Knights Templars, a los que pueden pertenecer exclusivamente masones y que son bastante difundidos en la masonería angloamericana. En el momento particularmente convulso de la historia masónica, constituido por los años de la Revolución francesa, no todos estuvieron de acuerdo con la suposición (más tarde pacífica en las obediencias y en los ritos masónicos mayoritarios) según la cual el complejo de los grados templarios constituía solo una parte del sistema masónico y debía permanecer subordinado a la masonería en su conjunto. En una logia parisina, la de los Caballeros de la Cruz, se comenzó a sostener que no era así en absoluto; si la leyenda templaria era verdadera, si las corporaciones británicas de los francmasones eran "interesantes" solo en cuanto en su interior desde el siglo XIV estaban escondidos los herederos de la Orden del Temple, se seguía que la Orden del Temple era anterior a la masonería, y que por lo tanto debían ser las organizaciones masónicas las que se subordinaran a las neo-templarias y no al revés.El origen de esta controversia se remonta a un aventurero activo en los años de la Revolución francesa, el ex seminarista Bernard-Raymond Fabré-Palaprat (1773-1838), quien en 1804 declaraba haber descubierto –junto con sus colegas de la citada logia de los Caballeros de la Cruz– documentos que probaban una sucesión ininterrumpida de "Grandes Maestres" templarios clandestinos desde la supresión de 1307 hasta 1792 (el año en que habría muerto, masacrado en Versalles por los jacobinos, el último Gran Maestre "escondido", el duque Louis-Hercule-Timoléon de Cossé-Brissac, 1734-1792).Los Caballeros de la Cruz declararon que un documento (la carta de Larmenius), supuestamente encontrado en el cajón de un mueble del duque, autorizaba a la logia a proceder a la elección de un nuevo Gran Maestre, una vez pasada la tormenta revolucionaria.La Carta de Larmenius es un documento redactado, aparentemente, en 1324, por el templario (que permaneció en Chipre durante las persecuciones) Jean-Marc Larmenius, quien habría sido secretamente nombrado por Molay su sucesor (una tesis que desmentía la de la investidura de D’Aumont, arriba descrita y filtrada en los ambientes masónicos) en 1314 y que, proclamado Gran Maestre de la Orden después de la muerte de Molay, habría reorganizado a los templarios, dotándolos de un pergamino (precisamente la Carta de Larmenius, también llamada Carta Transmissionis), en el cual se han ido escribiendo los nombres de los diversos Grandes Maestres secretos, sucesores de Molay y Larmenius.
