Nach ihrer Auflösung überlebte der Orden noch einige Jahrzehnte außerhalb Frankreichs, doch spätestens zu Beginn des 15. Jahrhunderts verschwanden die Templer vollständig.Die Vorstellung, dass die Templer ihre Aktivitäten heimlich bis ins 18. Jahrhundert fortgesetzt hätten, verbreitete sich zuerst in der französischen und deutschen Freimaurerei. Einer in diesen Kreisen verbreiteten Version zufolge übergab Molay – im Gefängnis – die Führung an Pierre D'Aumont, der nach seiner Flucht nach Schottland am 24. Juni 1313 (dem Johannistag, der für Freimaurer eine starke symbolische Bedeutung hat) zum Großmeister des Ordens gewählt wurde und den Sitz des Ordens in Aberdeen einrichtete, wobei er eine Organisation von Freimaurern (in diesem Fall wörtlich als Steinmetze verstanden) als Deckmantel nutzte.Die Freimaurerei war in England entstanden und präsentierte sich als Erbe – wenn auch durch einen Prozess philosophischer und esoterischer Neuinterpretation – der Maurerzünfte (die neben Architekten auch einfache Maurer umfassten). Aus einer gewissen Perspektive war dies ein zu „bescheidener“ Ursprung, den der Adel Kontinentaleuropas nur schwer akzeptierte.So entstand die Legende von verfolgten Rittern, die sich in den englischen und schottischen Zünften der Freimaurer „versteckt“ hatten, um ihre Aktivitäten fortzusetzen. Vor allem in Deutschland wurden diese geheimnisvollen Ritter mit den Templern identifiziert.
Dies ist der Ursprung der Templergrade der Freimaurerei, die – auf dem europäischen Kontinent entstanden, aber auch im Vereinigten Königreich verbreitet, dank der Arbeit von Thomas Dunckerley (1724-1795), dem Gründer eines Großkonklaves (später Großpriorats) der Templer innerhalb der englischen Freimaurerei im Jahr 1791 – heute sowohl im Schottischen Ritus als auch im York Ritus zu finden sind, und der aktuellen Encampments of Knights Templars, denen ausschließlich Freimaurer angehören dürfen und die in der anglo-amerikanischen Freimaurerei ziemlich weit verbreitet sind.In der besonders turbulenten Zeit der freimaurerischen Geschichte, den Jahren der Französischen Revolution, waren nicht alle damit einverstanden, dass die Gesamtheit der Templergrade nur einen Teil des freimaurerischen Systems bildete und der Freimaurerei insgesamt untergeordnet bleiben sollte (eine Annahme, die später in den meisten freimaurerischen Obedienzen und Riten friedlich akzeptiert wurde). In einer Pariser Loge, der der Ritter vom Kreuz, begann man zu behaupten, dass dies überhaupt nicht der Fall sei; wenn die Templerlegende wahr sei, wenn die britischen Zünfte der Freimaurer nur „interessant“ seien, weil in ihnen seit dem 14. Jahrhundert die Erben des Templerordens verborgen waren, so folgte daraus, dass der Templerorden der Freimaurerei vorausging und dass daher die freimaurerischen Organisationen den neo-templerischen untergeordnet sein mussten und nicht umgekehrt.Der Ursprung dieser Kontroverse geht auf einen Abenteurer zurück, der in den Jahren der Französischen Revolution aktiv war, den ehemaligen Seminaristen Bernard-Raymond Fabré-Palaprat (1773-1838), der 1804 erklärte, er habe – zusammen mit seinen Kollegen der erwähnten Loge der Ritter vom Kreuz – Dokumente entdeckt, die eine ununterbrochene Sukzession „geheimer Großmeister“ der Templer von der Auflösung im Jahr 1307 bis 1792 (dem Jahr, in dem der letzte „versteckte“ Großmeister, Herzog Louis-Hercule-Timoléon de Cossé-Brissac, 1734-1792, von den Jakobinern in Versailles massakriert worden sein soll) beweisen würden.Die Ritter vom Kreuz erklärten, dass ein Dokument (die Larmenius-Charta), das angeblich in einer Schublade eines Möbels des Herzogs gefunden wurde, die Loge ermächtigte, nach dem Abklingen des Revolutionssturms die Wahl eines neuen Großmeisters vorzunehmen.Die Larmenius-Charta ist ein Dokument, das angeblich 1324 von dem Templer Jean-Marc Larmenius (der während der Verfolgungen auf Zypern geblieben war) verfasst wurde. Dieser soll 1314 heimlich von Molay zu seinem Nachfolger ernannt worden sein (eine These, die die oben beschriebene und in freimaurerischen Kreisen durchgesickerte Investitur von D'Aumont widerlegte) und, nach Molays Tod zum Großmeister des Ordens ausgerufen, die Templer reorganisiert haben, indem er ihnen ein Pergament (eben die Larmenius-Charta, auch Carta Transmissionis genannt) verlieh, auf dem nach und nach die Namen der verschiedenen geheimen Großmeister, Nachfolger von Molay und Larmenius, eingetragen wurden.
