После упразднения Орден просуществовал ещё несколько десятилетий за пределами Франции, но не позже начала XV века тамплиеры полностью исчезли. Идея о том, что тамплиеры продолжали свою деятельность в подполье вплоть до XVIII века, впервые распространилась во французском и немецком масонстве. Согласно версии, принятой в этих кругах, Молэ передал руководство — находясь в тюрьме — Пьеру д’Омону, который бежал в Шотландию и был избран Великим магистром Ордена 24 июня 1313 года (в день Иоанна Крестителя, имеющий важное символическое значение для масонов) и разместил штаб-квартиру Ордена в Абердине, использовав в качестве прикрытия организацию масонов (в данном случае в прямом смысле — каменщиков).Масонство возникло в Англии и представляло себя как наследника — пусть и через процесс философской и эзотерической переинтерпретации — профессиональных корпораций каменщиков (включавших наряду с архитекторами и простых строителей). С определённой точки зрения такое происхождение казалось слишком «скромным», и знать континентальной Европы принимала его с трудом. Так возникла легенда о преследуемых рыцарях, которые «спрятались» в английских и шотландских корпорациях вольных каменщиков, чтобы продолжать свою деятельность. Особенно в Германии этих таинственных рыцарей стали отождествлять с тамплиерами.
Именно так возникли тамплиерские степени в масонстве, которые — зародившись на европейском континенте, но распространившись также и в Соединённом Королевстве благодаря деятельности Томаса Данкерли (1724–1795), основавшего в 1791 году Великий Конклав (впоследствии Великий Приорат) Рыцарей-Тамплиеров в составе английского масонства — сегодня встречаются как в Шотландском обряде, так и в Йоркском обряде, а также в современных "Лагерях Рыцарей-Тамплиеров" (Encampments of Knights Templars), членами которых могут быть исключительно масоны. Эти объединения особенно распространены в англо-американском масонстве. Во время особенно бурного периода в истории масонства, которым стали годы Французской революции, не все соглашались с утверждением (позже признанным большинством масонских послушаний и обрядов), что система тамплиерских степеней является лишь частью масонской системы и должна оставаться подчинённой всему масонству в целом.В одной из парижских лож — Ложе Рыцарей Креста — начали утверждать, что всё обстоит совсем не так, если тамплиерская легенда правдива, если британские корпорации вольных каменщиков интересны лишь потому, что с XIV века в их рядах скрывались наследники Ордена Храма, то из этого следовало, что Орден Храма предшествует масонству, и что именно масонские организации должны подчиняться неотамплиерским, а не наоборот. Происхождение этого спора связано с авантюристом времён Французской революции, бывшим семинаристом Бернаром-Раймоном Фабр-Палапра (1773–1838), который в 1804 году объявил, что вместе с коллегами из вышеупомянутой Ложи Рыцарей Креста обнаружил документы, подтверждающие непрерывную преемственность “Великих Магистров” тайного тамплиерского ордена от его роспуска в 1307 году до 1792 года (когда, согласно этим утверждениям, был убит последним “скрытым” Великим Магистром герцог Луи-Эркюль-Тимолеон де Коссе-Бриссак, 1734–1792, растерзанный якобинцами в Версале).Рыцари Креста заявили, что документ (так называемая Хартия Лармениуса), якобы найденный в ящике мебели герцога, давал ложe разрешение избрать нового Великого Магистра после того, как революционная буря утихнет. Хартия Лармениуса — это документ, предположительно составленный в 1324 году тамплиером Жан-Марком Лармениусом, оставшимся на Кипре во время преследований. Он якобы был тайно назначен Жаком де Моле своим преемником (что противоречило версии о посвящении Д'Омона, распространённой в масонской среде) в 1314 году и, став Великим Магистром после смерти де Моле, занялся реорганизацией ордена, снабдив его пергаментом — той самой Хартией Лармениуса, также известной как Хартия Преемственности, на которой впоследствии были поочерёдно вписаны имена тайных Великих Магистров — преемников де Моле и Лармениуса.
