Après la suppression, l'Ordre survécut quelques décennies hors de France, mais au plus tard au début du XVe siècle, les Templiers disparurent complètement.L'idée que les Templiers avaient continué clandestinement leur activité jusqu'au XVIIIe siècle se répandit d'abord dans la franc-maçonnerie française et allemande ; selon une version accréditée dans ces milieux, Molay passa les consignes – en prison – à Pierre D'Aumont, qui, s'étant enfui en Écosse, fut élu Grand Maître de l'Ordre le 24 juin 1313 (le jour de Saint-Jean-Baptiste, qui a une forte valeur symbolique pour les francs-maçons) et établit le siège de l'Ordre à Aberdeen, utilisant comme couverture une organisation de maçons (dans ce cas, entendu littéralement comme tailleurs de pierre) actifs.La franc-maçonnerie était née en Angleterre en se présentant comme l'héritière – bien que par un processus de réinterprétation philosophique et ésotérique – des corporations de métier de maçons (qui comprenaient, à côté des architectes, également les simples maçons).D'un certain point de vue, il s'agissait d'une origine trop "humble", que la noblesse de l'Europe continentale acceptait difficilement.C'est ainsi qu'est élaborée la légende de chevaliers persécutés qui s'étaient "cachés" dans les corporations anglaises et écossaises des francs-maçons pour continuer leurs activités.Surtout en Allemagne, ces chevaliers mystérieux furent identifiés aux Templiers.
C'est là l'origine des grades templiers de la franc-maçonnerie qui – nés sur le continent européen, mais répandus également au Royaume-Uni, grâce à l'œuvre de Thomas Dunckerley (1724-1795), fondateur en 1791 d'un Grand Conclave (plus tard Grand Prieuré) des Chevaliers Templiers au sein de la franc-maçonnerie anglaise – se retrouvent aujourd'hui tant dans le rite écossais que dans le rite d'York, et des actuels Encampments of Knights Templars, auxquels peuvent appartenir exclusivement des francs-maçons et qui sont assez répandus dans la franc-maçonnerie anglo-américaine. Au moment particulièrement convulsif de l'histoire maçonnique, constitué par les années de la Révolution française, tous ne furent pas d'accord sur l'hypothèse (plus tard pacifiée dans les obédiences et les rites maçonniques majoritaires) selon laquelle l'ensemble des grades templiers ne constituait qu'une partie du système maçonnique et devait rester subordonné à la franc-maçonnerie dans son ensemble.Dans une loge parisienne, celle des Chevaliers de la Croix, on commença à soutenir qu'il n'en était rien ; si la légende templière était vraie, si les corporations britanniques des francs-maçons étaient "intéressantes", seulement parce qu'en leur sein, depuis le XIVe siècle, étaient cachés les héritiers de l'Ordre du Temple, il s'ensuivait que l'Ordre du Temple était antérieur à la franc-maçonnerie, et que donc les organisations maçonniques devaient se subordonner aux organisations néo-templières et non l'inverse.L'origine de cette controverse remonte à un aventurier actif pendant les années de la Révolution française, l'ancien séminariste Bernard-Raymond Fabré-Palaprat (1773-1838), qui en 1804 déclara avoir découvert – avec ses collègues de la loge des Chevaliers de la Croix susmentionnée – des documents qui prouvaient une succession ininterrompue de "Grands Maîtres" templiers clandestins depuis la suppression de 1307 jusqu'en 1792 (l'année où serait mort, massacré à Versailles par les jacobins, le dernier Grand Maître "caché", le duc Louis-Hercule-Timoléon de Cossé-Brissac, 1734-1792).Les Chevaliers de la Croix déclarèrent qu'un document (la charte de Larmenius), prétendument retrouvé dans le tiroir d'un meuble du duc, autorisait la loge à procéder à l'élection d'un nouveau Grand Maître, une fois la tempête révolutionnaire passée.La charte de Larmenius est un document rédigé, apparemment, en 1324, par le templier (resté à Chypre pendant les persécutions) Jean-Marc Larmenius, qui aurait été secrètement nommé par Molay comme son successeur (une thèse qui démentait celle de l'investiture de D'Aumont, décrite ci-dessus et qui avait filtré dans les milieux maçonniques) en 1314 et qui, proclamé Grand Maître de l'Ordre après la mort de Molay, aurait réorganisé les Templiers, les dotant d'un parchemin (la charte de Larmenius, également appelée Carta Transmissionis), sur lequel ont été progressivement écrits les noms des différents Grands Maîtres secrets, successeurs de Molay et de Larmenius.
